ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดภูเก็ตได้เปิดทำการครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ.2471
อาคารที่ทำการเดิมเป็นอาคารไม้ตั้งอยู่ติดป่าชายเลนริมทะเล ปัจจุบันพื้นที่ตื้นเขินตามธรรมชาติ จึงได้รับการปรับถมพื้นที่
และปรับปรุงเรื่อยมาจนเป็นที่ทำการในปัจจุบันซึ่งเป็นที่ตั้งแห่งเดียวกันกับในอดีต
รวมระยะเวลาการจัดตั้งมาจนถึงปัจจุบันเป็นเวลาประมาร 82 ปี
ในปี พ.ศ.2536 ได้มีพระราชกฤษฏีกาแบ่งส่วนราชการ กรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย(ฉบับที่ 22) ยก
ฐานะกองตรวจคนเข้าเมืองเป็น สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง เป็นส่วนราชการในระดับกองบัญชาการ
สังกัดกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย และในปี พ.ศ.2548 ได้มีการปรับโครงสร้างตามพระราชกฤษฏีกา
แบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติปี พ.ศ.2548 และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการเป็นกองบังคับการ
หรือส่วนราชการที่เรียกชื่ออย่างอื่น ในสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2548
ได้ยกเลิกส่วนราชการตามพระราชกฤษฏีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย พ.ศ.2539
และแก้ไขเพิ่มเติมจัดแบ่งส่วนราชการใหม่ โดยให้ในส่วนของ ด่าน ตม.ภูเก็ต อยู่ในสังกัด ศตม.ภ.ใต้
ในปัจจุบัน สำนักงานตรวจคนเข้าเมืองได้ปรับโครงสร้างเมื่อวันที่ 7 กันยายน 2552
ได้เรียกชื่อเต็มว่า"ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดภูเก็ต" ในสังกัด บก.ตม.6
สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง ในสังกัดสำนักงานตำรวจแห่งชาติ

ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดภูเก็ตมีหัวหน้าหน่วยงาน มีตำแหน่งในระดับผู้กำกับการ 1 นาย
เรียกว่า "ผู้กำกับการตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดภูเก็ต"
และรองหัวหนัวด่านระดับรองผู้กำกับการ 1 นาย เรียกว่า
"รองผู้กำกับการตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดภูเก็ต"
ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดภูเก็ตมีหัวหน้าด่านมาแล้วรวมทั้งสิ้น 31 นาย
ผู้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าด่านตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดภูเก็ตท่านแรก
คือ รองอำมาตย ์หลวงพยากรณ์
ปัจจุบันมี พันตำรวจเอก ภาณุวัฒน์ ร่วมรักษ์
เป็นผู้กำกับการ ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดภูเก็ต
และมี พันตำรวจโท กฤษฎากรณ์ กลิ่นเกษร
เป็นรองผู้กำกับการ ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดภูเก็ต